В начале романа Базаров вместе со своим приятелем Аркадием Кирсановым приезжает в поместье, которым управляет отец друга – Николай Петрович. В ходе развязки сюжета сразу становится понятно, что Базаров – отъявленный нигилист. Евгений – молодой человек, студент медицинского заведения, он самоуверенный, умный и не брезгует поработать руками.
В поместье находится антипод – Базарова – Павел Петрович, брат Николая Петровича. Павел Петрович из хорошей семьи и имеет аристократические черты характера. Это становится, понятно посмотрев на его поведение, вежливые манеры, как элегантно он одевается. В связи с чем, между такими совсем разными людьми, возникают споры.
Так как Базаров отрицает все духовные и культурные ценности, он утверждает, что искусство, театр и поэзия – всё это глупость. В настоящем развивающем обществе куда важнее такие профессии, как биолог или медик, так считает Базаров. Но по сути утверждений Базарова, Павел Петрович не согласен с ним, он считает, что духовные мир не менее важен, чем физические ценности.
В один момент в результате их противостояния и взаимном презрении, между ними происходит дуэль. И очень символичным является то, что когда Базаров, ранил Павла Петровича, он не праздновал победу, а сразу побежал помогать оказывать помощь. Этот момент показал нам, что Евгений не такой уж и бесчувственный человек, каким мы представляли его на первый взгляд, и что чувство сострадания ему не безразличны.
На протяжении романа нигилизм Базарова претерпевает серьезных изменений. Если вначале Евгений считал, что надо ломать все старые устои и строить новые, то через время он сталкивается с явлением, которое стало переломным моментом в его судьбе – Базаров вопреки собственным доводам влюбляется в помещицу Одинцову.
Сначала он, конечно же, как и присуще настоящему нигилисту, пытается отогнать от себя эти мысли. Но позже, когда он понял, что не в силах противостоять таким сильным чувствам, как любовь, признаётся в любви Одинцовой. Тем самым он признал, что с ним произошло то, что он всю жизнь отрицал, и он не способен идти против этого.
Финал романа грустный – Базаров получает заражение крови и умирает. Но перед смертью у него есть немного времени, чтобы вспомнить и обдумать прожитую жизнь. Отчётливо видно, что такой перспективный человек, как Базаров, не раскрыл свою большую часть потенциала и не сделал множество дел, которые еще мог бы сделать.
В конце произведения нам переставлен уже совершенно другой Базаров. Он даже произнес несвойственные ему фразы с романтическим духом. Так почему же Базарова мы можем назвать "рефлектирующим нигилистом"? Потому что его нигилизм не бездумный, Евгений не стремится угнаться за модой, как, его друг и соратник Аркадий, который позже откажется от идеи нигилизма. Базаров – нигилист, но думающий.
И уже глядя в лицо смерти, Евгений Базаров понимает, что был не прав и соглашается, что нельзя отрицать всё на свете, потому существуют такие ценности, от которых просто нельзя отказаться: любовь, семья, искусство, дружба, героизм.